Sau khi nhận được phản hồi, Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch chỉ trả lời: "Sở cũng thừa nhận nhiều cái bất cập trong quá trình triển khai dự án trùng tu tôn tạo một di tích quốc gia như vậy."[9]

Nhà nghiên cứu văn hoá Trần Lâm Biền cũng bảo vệ ý kiến của chủ đầu tư: "...về cơ bản, việc trùng tu đã thành công vì nó đã làm đúng quy trình, giữ được tối đa những vật liệu cũ. Và nhiều khi dư luận cứ nói quá lên! Di tích là cái thành chứ không phải là cái cây. Cái cây là cái ăn bám vào thành nên bắt buộc phải bỏ đi nếu không thành sẽ đổ. Búa rìu của dư luận chúng tôi cũng làm. Quy trình làm đúng, nhưng nhiều khi báo chí và dư luận cứ nói quá lên."[12]

Mặt khác, nhiều nhà sử học, nhà văn hóa đã đặt vấn đề về vấn đề trên. Nhà văn Phù Ninh, nguyên Chủ tịch Hội Văn học nghệ thuật, nguyên Giám đốc Sở Văn hóa Tuyên Quang không tán thành: Trùng tu kiểu gì thì cũng phải tôn trọng nguyên trạng của di tích chứ. Như hiện nay là người ta đang làm mới di sản thành nhà Mạc. Cục trưởng Cục Di sản Văn hóa Thế Hùng cũng lấy làm ngạc nhiên khi biết tin. Tổng thư ký Hội Khoa học Lịch sử Việt Nam Dương Trung Quốc phải thốt lên: Tôi nghe mà trong lòng thấy xót xa và chua chát lắm! Tôi cho rằng đây là một điều rất đáng tiếc. Đứng ở góc độ là một nhà nghiên cứu tôi cảm thấy chạnh lòng về điều này, thấy trách nhiệm của mình cần phải làm gì đó vì sự trường tồn của lịch sử. Tiếp đó, ông còn nói: Sự chắp vá, đắp mới của công cuộc trùng tu đã phá vỡ những giá trị kiến trúc, nghệ thuật vốn có của thành cổ. Người ta đã cố tình làm xấu, làm biến dạng và làm mất đi cái hồn của thành nhà Mạc.[9]

Quyết liệt nhất là Phó Giáo sư, Tiến sĩ Nguyễn Hải Kế, người nhiều năm tâm huyết với hệ thống di sản Việt Nam: "Cái lò gạch hiện nay không còn một chút dấu vết nào của di tích thành nhà Mạc nữa, thực tế là người ta đã phá hẳn thành nhà Mạc đi". Ông Kế đề nghị phải đập "cái lò gạch" đó đi, không tiếc nuối, dù việc xây nó vừa qua tốn bao nhiêu tỷ đồng đi nữa. Rất nhiều nhà nghiên cứu khác đã lên tiếng chỉ trích mạnh mẽ việc "trùng tu" nêu trên và đề nghị xem xét trách nhiệm của các cơ quan liên quan...[9]

Nhà sử học Dương Trung Quốc cho rằng nguyên nhân nằm ở việc công khai dự án: "...nguyên nhân do chúng ta chưa có sự công khai khi tiến hành trùng tu di tích. Khoảng cách giữa người dân và những người làm trùng tu quá lớn, chưa có sự hiểu biết, cảm thông và chia sẻ lẫn nhau... Ở nhiều nước, mỗi công trình được trùng tu đều được công khai chi tiết phương án để trưng cầu dân ý; nhưng ở Việt Nam, chúng ta chưa làm được điều này. Qua sự công khai đó mới có sự chia sẻ, đóng góp ý kiến của công chúng..."[12]